An der Sommer Akademie in Karlsruhe war Markus Peter 1990 erstmals als Dozent tätig, um anschliessend 1993 bis 1995 als Gastprofessor an der ETH Zürich zu unterrichten. Im Jahr 2002 wurde Markus Peter schliesslich von derselben Hochschule zum ordentlichen Professor berufen und leitete den Lehrstuhl für Architektur und Konstruktion bis im Sommer 2022. Im Rahmen seiner Konstruktionsvorlesung publizierte Markus Peter zahlreiche Beiträge zur Inbeziehungssetzung von entwurflichen mit konstruktiven Fragestellungen und der Herausbildung architektonischer Techniken in ihren jeweiligen kulturellen Kontexten.